L'Apféé a développé des relations de partenariat avec l'Acsé (Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances), le Bureau des écoles du ministère de l'Éducation nationale, de la jeunesse et de la vie associative, ainsi qu'avec leurs ministères de tutelle : ministère et secrétariat d'État en charge de la Politique de la ville, ministère de l'Éducation nationale, de la jeunesse et de la vie associative.